Bộ máy quản lý nhà nước thời Lý được xây dựng trên định hướng tập trung quyền lực vào nhà vua, bao gồm hai cấp là cấp triều đình và cấp địa phương. Nhà vua có uy quyền tuyệt đối, lãnh đạo và điều hành mọi công việc của đất nước. Trong triều đình, dưới vua có các quan đại thần để cùng bàn bạc việc nước với vua. Dưới quan đại thần còn có quan lại ở các sảnh, các viện. Để thuận tiện cho việc quản lý, nhà Lý chia khu vực hành chính ra thành 3 cấp là phủ/lộ, huyện và hương.

Song song với hệ thống quan lại thông thường, do ảnh hưởng của Phật giáo, thời nhà Lý còn có hệ thống tăng quan với mục đích giúp nhà vua quản lý các tăng đồ về mặt hành chính, đồng thời cũng là hệ thống giúp bảo vệ quyền lợi của Phật giáo.

Sang thời Trần, nhà Trần thay nhà Lý tiếp tục củng cố tổ chức nhà nước theo hướng tập trung quyền lực vào nhà vua. Đặc biệt, để đảm bảo quyền lực cho nhà vua, nhà Trần còn áp dụng chế độ Thái thượng hoàng.

Bộ máy quản lý nhà nước vẫn chia thành hai cấp là triều đình và các cấp địa phương. Tại triều đình có bộ phận trung khu gồm các Tể tướng, Tri mật viện sự và Hành khiển ở môn hạ sảnh có nhiệm vụ chỉ đạo các quan văn võ. Dưới trung khu có các cơ quan chức năng là 6 bộ: Lại, Lễ, Hộ, Binh, Hình, Công. Đây là điểm khác biệt tiến bộ so với thời Lý khi có sự tách biệt giữa bộ phận quản lý và bộ phận thực hiện công việc. Ở các địa phương, nhà Trần cũng chia tổ chức chính quyền thành ba cấp: phủ/lộ, huyện/châu, hương/xã.

Nhìn chung, trải qua gần bốn thế kỷ, bộ máy quản lý nhà nước thời Lý – Trần đã được xây dựng theo lối chính quy, bao quát khắp mọi cấp, mọi lĩnh vực và từng bước được hoàn thiện về mặt tổ chức từ trung ương đến địa phương.